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冷凍干燥機進行消毒的工序。常用的消毒方法有：
（1）氣體殺菌消毒法 該消毒法是利用氣態的或汽化的化學物質來處理設備
或材料，常用消毒劑有：環氧乙烷、甲醛、環氧丙烷、溴代甲烷及 ? 丙醇酸內脂。
（2）加熱殺菌法 干加熱：利用氧化方法殺死細菌，實際上大部分是焚化了；直接蒸汽加熱：采用專門的低壓蒸汽消毒蒸鍋，要求蒸汽溫度保持在 120℃左右，持續時間至少 30 分鐘。為了防止蒸汽加熱不到死角現象的出現，在通入蒸汽前應將整個系統抽真空至 100Pa。用 70%的酒精在箱內噴霧，經過 24 小時后用消毒布擦干；負壓蒸汽加熱殺菌劑：將凍干箱和整個系統抽真空至 10Pa 以下，通入 70～90℃的蒸汽加福爾馬林溶劑，使容器保持在熱狀態下 2 小時。
Pilot5-8ES系列經濟型冷凍干燥機是為食品、中藥材、保健品等物質冷凍干燥處理設計的機型。 箱體內部采用大圓角設計，表面采用鏡面拋光，箱體底部采用傾角設計，符合FDA及GMP要求。
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